Abstract
Введение. Эпидемиология менингококковой инфекции может измениться непредсказуемо, и тип изолятов Neisseria meningitidis имеет решающее значение для наблюдения за инвазивным менингококком. Цель исследования. Проведение молекулярно-эпидемиологического и генетического исследования штаммов N.meningitidis, циркулирующих в г. Нур-Султан. Материалы и методы. Поведен анализ историй болезни пациентов, пролеченных с диагнозом «менингококковый менингит» в Многопрофильной городской детской больнице №3 г. Нур-Султан за 2010-2020 гг. Характеристика изолятов Neisseria meningitidis, собранных из спинномозговой жидкости и крови у детей (n=120), были генотипированы с помощью мультилокусного типирования последовательностей (MLST) и секвенирования генов porB, porA, fetA, fHbp и penA. Серотипирование проводилось с помощью метода латекс-агглютинации. Чувствительность к противомикробным препаратам определялась с помощью диско-диффузного метода и протестирована на чувствительность к антибиотикам с использованием мультилокусного типирования последовательностей (MLST). Статистическую обработку клинико-лабораторных данных рассчитывали с использованием программы SPSS IBM Statistiсs 20. Возраст различных линий выполнен с помощью теста Mann-Whitney U. Результаты. Анализ показал наибольший удельный вес выявляемости среди серогрупп «А» -59,2% (n=71), на втором месте «В»- 24,2% (n=29), на третьем - «С»- 10,8% (n=13) и низкий показатель у серогрупп «W135»-4,2% (n=5) и «29Е»- 1,7% (n=2). Результаты полногеномного анализа N.meningitidis были депонированы в международную базу данных Genbank по следующим номерам: SRX7002979, SRX7002980, SRX7002981, SRX7002982. Выводы. Полногеномный анализ внес значительный вклад в детальную молекулярную характеристику изолятов N. meningitidis, выделенных в Казахстане за 10-летний период. Позволил определить уровень генетического расхождения между полученными в Казахстане и других странах изолятами. Генетическая филогения полных геномов выявила географическую циркуляцию серотипов и штаммов, а также случаи передачи между странами. Introduction. The epidemiology of meningococcal infection can change unpredictably, and the type of Neisseria meningitidis isolates play a crucial role for the surveillance of invasive meningococcus. Purpose of the study. Conduct a molecular epidemiological study and determine the genetic characteristics of N. meningitidis strains that exist in Nur-Sultan city. Methods. The investigation is based on the meningococcal infection registered cases in Nur-Sultan for the period 2010–2020. For characterization, Neisseria meningitidis isolates were collected from cerebrospinal fluid and blood from children. N. meningitidis isolates (n = 120) from patients were genotyped using multilocus sequence typing (MLST) and sequencing of the porB, porA, fetA, fHbp, and penA genes. Serotyping was performed using the latex agglutination method. Antimicrobial susceptibility was determined using a disk diffusion method and tested for antibiotic susceptibility using multilocus sequence typing (MLST). Statistical treatment of clinical and laboratory data was calculated using the program SPSS IBM Statistics 20. Age of different lines performed with the help of the Mann-Whitney U. test. Results. Thus, the analysis of case histories of patients treated with a diagnosis of meningococcal meningitis in the Multidisciplinary City Children's Hospital No. 3, Nur-Sultan for 2010-2020, showed the highest proportion of detection among serogroups "A" -59.2% (n = 71), in second place "B" - 24.2% (n = 29), in third place - "C" - 10.8% (n = 13) and a low rate in serogroups "W135" -4.2% (n = 5) and "29E" - 1.7% (n = 2). The results of genome-wide analysis of N.meningitidis were deposited in the international Genbank database at the following numbers: SRX7002979, SRX7002980, SRX7002981, SRX7002982 (PubMLST, https: // www.ncbi.nlm.nih.gov / sra / term). Conclusions. Genome-wide analysis made a significant contribution to the detailed molecular characterization of N. meningitidis isolates that were isolated in Kazakhstan over a 10-year period. Allowed to determine the level of genetic discrepancy between isolates obtained in Kazakhstan and other countries. Genetic phylogeny of complete genomes has revealed the geographical circulation of serotypes and strains, as well as cases of transmission between countries. Зерттеу мақсаты. Нұр-Cұлтан қаласында N. meningitidis штамының айналымдағы генетикалық сипаттамасыанықтау және молекулярлық-эпидемиологиялық зерттеу жүргізу. Әдістері. Нұр-Cұлтан қаласынының 2010-2020 жылдар аралығындағы менингококк инфекциясының тіркелген жағдайлары зерттелді. Балалардан Neisseria meningitidisизоляттарын сипаттау үшін жұлын сұйықтығы мен қаннан материал жиналды. Науқастардан бөлінген N. meningitidis (n=120) изоляттары мультилокустық тізбекті типтеу (MLST) және porB, porA, fetA, fHbp және penA секвенстеу гендік реттілігі арқылы генотиптелді. Серотиптеу латекс-агглютинация әдісі арқылы жүргізілді. Микробтарқа қарсы препараттарға сезімталдық диско-диффузды әдіс және мультилокустық тізбекті типтеу (МЛТТ) әдісі арқылы анықталды. Клиникалық және зертханалық деректердістатистикалық өңдеу SPSS IBM Statistiсs 20 бағдарламасын қолдану арқылы есептелді. Әр түрлі сызықтардың жасы Mann-Whitney U тестінің көмегімен жасалады. Нәтижелері. Осылайша, 2010-2020 жж.аралығында Нұр-Сұлтан қ. №3 Көпбейінді қалалық балалар ауруханасында "менингококкты менингит" диагнозымен емделген пациенттердің ауру тарихын талдау барысында ең үлкен үлес пайызды "А" серотипі - 59,2% (n=71), екінші орында "В" - 24,2% (n=29), үшінші орында "с" - 10,8% (n=13) және төмен көрсеткіш "W135"серотипі топтары -4,2% (n=13) (n=5) және "29E" - 1,7% (n = 2) көрсетті. N. meningitidis толық геномдық талдау нәтижелері Genbank халықаралық дерекқорына келесі нөмірлер бойынша орналастырылды: SRX7002979, SRX7002980, SRX7002981, SRX7002982. Тұжырымдар. Толық геномдық талдау нәтмижесі Қазақстанда соңғы 10 жылдық кезеңде бөлінген N. meningitidisизоляттарының егжей-тегжейлі молекулярлық сипаттамасына елеулі үлес қосты. Қазақстанда және басқа елдерде алынған изоляттар арасындағы генетикалық айырмашылық деңгейін анықтауға мүмкіндік берді. Толық геномдардың генетикалық филогениясы серотиптер мен штамдардың географиялық айналымын, сондай-ақ елдер арасындағы берілу жағдайларын анықтады.