Abstract
This study assessed bacterial communities in farmed rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) and sturgeon (Acipenser ruthenus) from aquaculture farms in Aktobe, Karaganda, and Almaty regions of Kazakhstan using bacterial 16S rRNA gene sequencing. Samples of affected fish’s internal organs and ulcerative skin lesions were pooled into four groups. Microbial composition varied markedly by sample type. Healthy rainbow trout organs were dominated by Proteobacteria and Firmicutes, while ulcerated tissues contained nearly 99% Proteobacteria, indicating potential dysbiosis. Fusobacteriota dominated in sturgeon samples, whereas trout ulcers from the Almaty region consisted entirely of Bacteroidota. At the genus level, Aeromonas, Carnobacterium, and Lactococcus were abundant in healthy Rainbow Trout, while Psychrobacter and Pseudomonasprevailed in ulcerated tissues. Flavobacterium was found exclusively in ulcer samples from Almaty regions, and Cetobacterium predominated in sturgeon. These findings reveal distinct region- and species-specific microbial profiles, offering valuable insight into pathogen dynamics in Kazakhstan’s aquaculture systems and underscoring the importance of continued microbial monitoring for sustainable fish health management. В данном исследовании с использованием секвенирования бактериального гена 16S рРНК были проанализированы бактериальные сообщества у выращиваемой радужной форели (Oncorhynchus mykiss) и осетра (Acipenser ruthenus) из ключевых аквакультурных регионов Казахстана — Актобе, Караганды и Алматы. Пробы были отобраны из внутренних органов и язвенных поражений кожи, сгруппированы в четыре группы. Микробный состав значительно варьировал в зависимости от типа образца. В органах здоровых форелей доминировали бактерии типов Proteobacteriaи Firmicutes, в то время как в тканях с язвенными поражениями почти 99% составляли Proteobacteria, что указывает на возможный дисбиоз. В образцах осетровых рыб преобладали Fusobacteriota, тогда как язвенные поражения форелей из Алматинской области полностью состояли из Bacteroidota. На уровне родов у здоровой форели были многочисленны Aeromonas, Carnobacteriumи Lactococcus, тогда как в язвенных тканях преобладали Psychrobacterи Pseudomonas. Flavobacterium был выявлен исключительно в язвенных образцах из ферм Алматинской области, а Cetobacteriumпреобладал у осетров. Полученные результаты демонстрируют четко выраженные региональные и видовые особенности бактериального профиля, предоставляя ценную информацию о динамике патогенов в системах аквакультуры Казахстана и подчеркивая важность постоянного микробиологического мониторинга для устойчивого управления здоровьем разводимых гидробионтов.