Use of VNTR typing to test genetic diversity of Neisseria gonorrhoeae isolates

Anastasiya V. Kushnir, Talgat Muminov, А.И. Баев, Evgeniy A. Khrapov, М. Л. Филипенко

2011

Закрытый доступ Метаданные (CSL-JSON)
DOI 10.3103/s0891416811010058
Достоверность данных 70 средняя
Как считается эта оценка

Складывается из проверяемых признаков самой записи: есть ли у статьи DOI, сколько независимых источников подтвердили её данные, заполнены ли обязательные поля и насколько свежо последнее подтверждение. Снижают оценку расхождения между источниками и отсутствие идентификатора. Значение от 80 означает, что запись опубликована без дополнительной проверки; от 60 до 79 — что она опубликована с пониженной достоверностью и ручная проверка желательна. Запись, выверенную редактором вручную, пересчёт не опускает ниже 90. Это оценка наших данных о статье, а не оценка самой статьи.

Аннотация

Variable number tandem repeats (VNTRs) have been identified in silico by the present study in the Neisseria gonorrhoeae genome. Using a collection of 48 N. gonorrhoeae isolates derived from patients with gonorrhea in Almaty (Kazakhstan), the identified VNTR loci have been studied for the possibility of applying them for VNTR typing and compared to opa typing. The Hunter-Gaston discrimination index (HGDI) for VNTR typing on two loci (VNTR2048 and NMTR-12) was 0.734, which is lower than HGDI for opa typing (0.959). The VNTR1192-locus has a complex structure based on repeated elements, which created difficulties for its electrophoretic analysis. However, the analysis of the nucleotide sequence of this locus allows one to differentiate between all 48 isolates that participate in the study. The proposed VNTR loci can be used to analyze gonorrhea transmission through sexual contact and solve other molecular and epidemiological problems.