Genetic diversity of Alternaria species associated with black point in wheat grains

2020

Полный текст Открытый доступ: Gold Метаданные (CSL-JSON)
DOI 10.7717/peerj.9097
Достоверность данных 70 средняя
Как считается эта оценка

Складывается из проверяемых признаков самой записи: есть ли у статьи DOI, сколько независимых источников подтвердили её данные, заполнены ли обязательные поля и насколько свежо последнее подтверждение. Снижают оценку расхождения между источниками и отсутствие идентификатора. Значение от 80 означает, что запись опубликована без дополнительной проверки; от 60 до 79 — что она опубликована с пониженной достоверностью и ручная проверка желательна. Запись, выверенную редактором вручную, пересчёт не опускает ниже 90. Это оценка наших данных о статье, а не оценка самой статьи.

Аннотация

The genus Alternaria is a widely distributed major plant pathogen that can act as a saprophyte in plant debris. Fungi of this genus frequently infect cereal crops and cause such diseases as black point and wheat leaf blight, which decrease the yield and quality of cereal products. A total of 25 Alternaria sp. isolates were collected from germ grains of various wheat cultivars from different geographic regions in Kazakhstan. We investigated the genetic relationships of the main Alternaria species related to black point disease of wheat in Kazakhstan, using the inter-primer binding site (iPBS) DNA profiling technique. We used 25 retrotransposon-based iPBS primers to identify the differences among and within Alternaria species populations, and analyzed the variation using clustering (UPGMA) and statistical approaches (AMOVA). Isolates of Alternaria species clustered into two main genetic groups, with species of A.alternata and A.tennuissima forming one cluster, and isolates of A. infectoria forming another. The genetic diversity found using retrotransposon profiles was strongly correlated with geographic data. Overall, the iPBS fingerprinting technique is highly informative and useful for the evaluation of genetic diversity and relationships of Alternaria species.