Modeling metabolic networks in systems biology with artificial intelligence tools

2025

Полный текст Открытый доступ: Gold Метаданные (CSL-JSON)
DOI 10.47533/2025.1606-146x.4-01
Достоверность данных 70 средняя
Как считается эта оценка

Складывается из проверяемых признаков самой записи: есть ли у статьи DOI, сколько независимых источников подтвердили её данные, заполнены ли обязательные поля и насколько свежо последнее подтверждение. Снижают оценку расхождения между источниками и отсутствие идентификатора. Значение от 80 означает, что запись опубликована без дополнительной проверки; от 60 до 79 — что она опубликована с пониженной достоверностью и ручная проверка желательна. Запись, выверенную редактором вручную, пересчёт не опускает ниже 90. Это оценка наших данных о статье, а не оценка самой статьи.

Аннотация

This paper discusses the experience of applying artificial intelligence methods for modeling metabolic networks in systems biology. Based on data from the KEGG database, a network of interactions between key metabolites and enzymes of human metabolism was constructed and analyzed using the Python NetworkX library. Topological properties of the network nodes and edges – indices of degree, intermediate and centrality of proximity – were calculated, and the role of essential and non-essential metabolites in the network was quantified. Statistical analysis confirmed the biological validity of the model and showed that essential metabolites play the role of central nodes. This study provides effective methods for a comprehensive and systematic study of metabolic processes at the interface of artificial intelligence and systems biology and opens up the possibility of predicting dynamic changes in in metabolism using graph neural networks.