Exploring the population structure and genetic diversity in apple germplasm using iPBS-retrotransposon markers

2024

Толық мәтін Ашық қол жеткізу: Gold Метадеректер (CSL-JSON)
DOI 10.55730/1300-008x.2827
Деректер сенімділігі 70 орташа
Бұл баға қалай есептеледі

Ол жазбаның өзінің тексерілетін белгілерінен құралады: мақаланың DOI-і бар ма, оның деректерін қанша тәуелсіз дереккөз растады, міндетті өрістер толтырылған ба және соңғы растау қаншалықты жаңа. Дереккөздер арасындағы алшақтық пен идентификатордың болмауы бағаны төмендетеді. 80-нен бастап мән жазбаның қосымша тексерусіз жарияланғанын, 60-тан 79-ға дейін — оның сенімділігі төмен күйде жарияланғанын және қолмен тексеру ұсынылатынын білдіреді. Редактор қолмен тексерген жазбаны қайта есептеу 90-нан төмен түсірмейді. Бұл — мақаланың өзіне емес, ол туралы деректерімізге берілген баға.

Аңдатпа

The apple (Malus domestica [Suckow] Borkh) is economically and culturally significant worldwide, thriving in temperate regions. This study examined genetic variations among 52 apple accessions from three research centers in Kazakhstan using the iPBS-retrotransposons marker system. Out of 35 screened markers, 12 highly polymorphic markers were selected for PCR amplification, resulting in 280 bands, 279 of which were polymorphic, yielding a 99.64% polymorphism rate. Genetic diversity indices showed substantial variation: effective number of alleles (ne=1.655), Shannon's information index (I=0.373), gene diversity (h=0.549), and an average genetic distance of 1.2. The analysis of molecular variance (AMOVA) indicated that 98.80% of the variation was within the population. STRUCTURE analysis grouped the germplasm into two populations and one unclassified group based on collection centers. Both the neighbor-joining tree and PCoA supported the STRUCTURE results, dividing the germplasm into two groups. The study highlighted significant genetic variation among apple accessions, demonstrating the effectiveness of the iPBS-retrotransposons marker system. The STRUCTURE analysis provided clearer separation of accessions compared to neighbor-joining trees. The highest genetic distance of 1.2 was observed between the Tyulpan and Red Chief samples, making these accessions suitable candidates for advanced breeding initiatives.