Аңдатпа
Purpose of the study: To assess the contribution of clonal hematopoiesis of indeterminate potential (CHIP) to the development of atherosclerotic disease in the Kazakhstani cohort, focusing on TET2 and DNMT3A genes, based on next-generation sequencing (NGS) data. Materials and Methods: This study employed an observational cross-sectional design. The cohort comprised 177 women and 225 men, with a mean age of 53.0 ± 9.04 years overall (men: 52.2 ± 9.0 years; women: 53.7 ± 9.0 years). Patients were stratified by degree of cardiovascular risk category (low, high, very high) according to the ESC/EAS (2019) recommendations. In this sample, 74 participants (18.4%) were classified as low-risk, 136 (33.8%) as high-risk, and 192 (47.8%) as very high-risk. For the initial phase of analysis, the two most studied genes, TET2 and DNMT3A, were selected from a total list of 8 priority genes: ASXL1, DNMT3A, JAK2, PPM1D, SF3B1, SFRS2, TET2, and TP53associated with CHIP, based on their high clinical significance and frequency of occurrence in previously published studies. By filtering the data and selecting two priority genes for primary analysis, 41 patients with atherosclerotic disease were selected from the total cohort. Genetic analyses were performed using high-throughput whole-exome sequencing to cover a wide range of genetic variants potentially associated with CHIP and the atherosclerotic process. Variant annotation was performed using international databases (ClinVar, ExAC, 1000 Genomes, etc.), and mutations were interpreted according to the ACMG/AMP classification using the InterVar platform. Statistical data processing included the nonparametric Kruskal-Wallis test, Dunn's test for pairwise comparisons, and Fisher's exact test; a value of p < 0.05 was considered statistically significant. Results: Variants were detected in TET2 (n=35) and DNMT3A (n=6). The median VAF value for TET2 was 50%. The age of patients differed significantly between risk groups (p = 0.026). Most of the variants detected had an ultra-rare frequency according to international databases (<0.1%). One pathogenic variant was identified according to the InterVar classification; the others were predominantly of uncertain significance (VUS). The distribution of variants by risk groups showed no statistically significant differences (p = 0.341). Conclusions: The results demonstrate a potential role of CHIP-associated mutations in the pathogenesis of atherosclerosis. Mutations in TET2 were found to be the most significant. Given the identified genetic features and their association with cardiovascular risk, the findings justify extending the analysis to the full spectrum of CHIP-associated genes to improve the accuracy of risk stratification. Цель исследования: Оценить вклад клонального гемопоэза неопределенного потенциала (КГНП) в развитие атеросклеротического заболевания в казахстанской когорте с упором на гены TET2 и DNMT3A на основе данных секвенирования нового поколения (NGS). Материалы и методы: Проведено обсервационное поперечное исследование. Когорта состояла из 177 женщин и 225 мужчин, средний возраст которых в целом составил 53,0 ± 9,04 года (мужчины: 52,2 ± 9,0 года; женщины: 53,7 ± 9,0 года). Пациенты были распределены по категориям сердечно-сосудистого риска (низкий, высокий, очень высокий) в соответствии с рекомендациями ESC/EAS(2019). В этой выборке 74 участника (18,4%) были отнесены к группе низкого риска, 136 (33,8%) – к группе высокого риска и 192 (47,8%) – к группе очень высокого риска. Для начальной фазы анализа два наиболее изученных гена, TET2 и DNMT3A, были выбраны из общего списка из 8 приоритетных генов: ASXL1, DNMT3A, JAK2, PPM1D, SF3B1, SFRS2, TET2 и TP53, ассоциированных с КГНП, на основании их высокой клинической значимости и частоты встречаемости в ранее изученных исследованиях. опубликованные исследования. Путем фильтрации данных и выбора двух приоритетных генов для первичного анализа из общей когорты был отобран 41 пациент с атеросклеротическим заболеванием. Генетический анализ был проведен с использованием высокопроизводительного секвенирования всего экзома (NGS, whole-exome sequencing), чтобы охватить широкий спектр генетических вариантов, потенциально связанных с КГНП и атеросклеротическим процессом. Аннотирование вариантов проводилось с использованием международных баз данных (ClinVar, ExAC, 1000 геномов и др.), а мутации интерпретировались в соответствии с классификацией ACMG/AMP с использованием платформы InterVar. Статистическая обработка данных включала непараметрический критерий Крускала-Уоллиса, критерий Данна для парных сравнений и точный критерий Фишера; значение р < 0,05 считалось статистически значимым. Результаты: Варианты были обнаружены в TET2 (n=35) и DNMT3A (n=6). Медиана значения VAF для TET2 составила 50%. Возраст пациентов значительно различался между группами риска (p = 0,026). Большинство обнаруженных вариантов имели крайне редкую частоту согласно международным базам данных (<0,1%). Один патогенный вариант был идентифицирован в соответствии с классификацией InterVar; остальные были преимущественно неопределенного значения (VUS). Распределение вариантов по группам риска не показало статистически значимых различий (p = 0,341). Выводы: Результаты демонстрируют потенциальную роль CHIP-ассоциированных мутаций в патогенезе атеросклероза. Наиболее значимыми оказались мутации в TET2. Учитывая выявленные генетические особенности и их связь с сердечно-сосудистыми рисками, полученные данные обосновывают необходимость расширения анализа на весь спектр КГНП-ассоциированных генов для повышения точности стратификации риска. Зерттеудің мақсаты: TET2 және DNMT3A гендеріне баса назар аудара отырып, Қазақстандық пациенттерде атеросклеротикалық аурудың дамуына анықталмаған потенциалды клондық гемопоэздің (CHIP) үлесін жаңа буынның секвенирлеу деректері (NGS) негізінде бағалау. Зерттеудің әдістері: Көлденең (бірмезеттік) зерттеу жүргізілді. Когортқа 177 әйел мен225 ер адам кірді, олардың орташа жасы жалпы алғанда53,0 ±9,04 жасты құрады (ерлер: 52,2 ±9,0 жас; әйелдер: 53,7 ±9,0 жас). Пациенттер ESC/EAS(2019) нұсқауларына сәйкес жүрек-қан тамырлары қаупі бойынша (төмен, жоғары, өте жоғары) стратификацияланған. Бұл үлгіде 74 қатысушы (18,4%) тәуекелі төмен, 136 (33,8%) тәуекелі жоғары және 192 (47,8%) өте жоғары тәуекел санатына жатқызылды.Талдаудың бастапқы кезеңі үшін 8 геннің жалпы тізімінен: ASXL1, DNMT3A, JAK2, PPM1D, SF3B1, SFRS2, TET2, TP53, белгісіз потенциалы клондық гемопоэзбен байланысты, ең көп зерттелген екі ген TET2, DNMT3A таңдалды, олардың жоғары клиникалық маңыздылығы мен бұрын жарияланған зерттеулерде пайда болу жиілігіне негізделген. Деректерді сұрыптау және бастапқы талдау үшін екі басым генді таңдау нәтижесінде жалпы топтанатеросклеротикалық ауруы бар 41 пациент таңдалды. Генетикалық талдаутолық экзомды секвинерлеупайдалана отырып жүргізілді, бұл белгісіз потенциалы клонды гемопоэз жәнеатеросклеротикалық процеспен ықтимал байланысты генетикалық нұсқалардың кең ауқымын қамтуға мүмкіндік берді.Генетикалық әдістердің аннотациясыхалықаралық дерекқорларды(ClinVar, ExAC, 1000 Genomes және т.б.) пайдалана отырып орындалды және мутациялардыInterVar платформасын пайдалана отырып, ACMG/AMP классификациясына сәйкес түсіндіру жүргізілді. Статистикалық деректерді өңдеугепараметрлік емес Краскел-Уоллис критерийі, жұптық салыстыру үшін Данн критерийі және Фишер критерийі кірді; p < 0.05 мәні статистикалық маңызды болып саналды. Нәтижелер: TET2 (n=35), DNMT3A (n=6) генетикалық варианттар табылды. TET2 үшін VAF мәнінің медианасы 50% құрады. Пациенттердің жасы тәуекел топтары арасында айтарлықтай өзгерді (p = 0.026). Табылған нұсқалардың көпшілігі халықаралық базаларға сәйкес өте сирек жиілікке ие болды (<0.1%). Intervar классификациясы бойынша бір патогендік нұсқа анықталды; қалғандары VUS. Қауіп қатер топтары бойынша бөлу статистикалық маңызды айырмашылықтарды көрсетпеді (p = 0.341). Қорытындылар: Атеросклероз патогенезіндегі CHIP-пен байланысты мутациялардың әлеуетті рөлін көрсетеді. Ең маңыздысы TET2 мутациялары болды. Анықталған генетикалық ерекшеліктерді және олардың жүрек-қан тамырлары қаупімен байланысын ескере отырып, нәтижелер тәуекелді стратификациялаудың дәлдігін арттыру үшін CHIP байланысты гендердің барлық спектріне талдауды кеңейту қажеттілігін негіздейді.